基督工人神學院的使命是培育僕人領袖，裝備他們在聖經上根基紮實、靈命上長進成熟、神學上訓練充分、並有宣教的心志與負擔，以便在華人教會以及全球各地的機構中，皆能有效地事奉，傳揚耶穌基督，建立基督的身體。